Lilja ist die isländische, finnische und schwedische Form von Lilie und bedeutet „die Lilie“, vom lateinischen „lilium“. Die Lilie steht für Reinheit und Unschuld, und in Island ist Lilja seit dem 14. Jahrhundert belegt, dort auch als Titel eines berühmten mittelalterlichen Gedichts. In Deutschland ist Lilja eine seltene, nordische Variante der beliebten Lilien-Namen.